cygwinはWindows上で作成されたファイルを全て755の実行可能ファイルとして扱ってしまうので、そのままgitで扱うとすべてのファイルが実行可能権限を持ったなんとも危なっかしい構成になってしまいます。

対策

$ git config core.filemode false

でfilemodeの変更を無視するように設定しておきましょう。

参考

[Windows Git users: Please check your core.fileMode setting – Google グループ][1]