一度cygwinをインストールした後ならaptcygとかcygaptとか「あれどっちだっけ？」となるapt風味のインターフェースがあるんですが、初回インストール時の方法があまりなかったので書いておきます。

インストール方法

setup-x86_64.exe --no-admin -l %USERPROFILE%\cyg\package -P wget,ssh,rsync --download -s ftp://ftp.iij.ad.jp/pub/cygwin/ -q --root %USERPROFILE%\cyg

これでc:\Uers\ironsand\cyg配下にwget,ssh,rsyncが入ります。32bit版でも引数の取り方は変わりません。