デフォルトではConEmuで複数のタブを開いた状態でタスクバーのアイコンをクリックすると、どのタブを選択するかを選ばないとアクティブにすることができません。
自分はとりあえずクリックしたらアクティブになって欲しいので設定を変えてしまいます。
変え方
ConEmuのタイトルバーを右クリックしてSettingsを開いて
左上のFind:のところでActive console onlyと検索します。
するとMain->Task bar->Taskbar buttonsの項目のShow all consolesがデフォルトで選ばれてると思うので、それをActive console only (ConEmu window)に変えてSave settingsすればOKです。ステキ！