javascript で大文字、小文字を区別しないで文字列比較がしたい時は、そういう演算子は用意されてないので toLowerCase() で全部小文字にして比較しちゃいましょう。

こんな感じ。

function check(){
  foo="ABC";
  bar="abc";
  if(foo.toLowerCase() == bar.toLowerCase()){ //大文字小文字を無視
    alert("ok!!");
  }else{
    alert("NG!");
  }
}

ちなみに英語で「大文字、小文字を区別しない。」と言いたい時は case-insensitive を使えばよいそうですよ。